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Crea el Sistema Archivístico del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación y regula su composición y funcionamiento. Establece las funciones de la Secretaría General Técnica, el régimen y calendario de transferencias de documentos, la eliminación de documentos y las actividades culturales y científicas.

Modifica las bases para conceder subvenciones a entidades asociativas del sector agrario y alimentario. Ajusta qué gastos se pueden subvencionar, cómo se justifican y los plazos de presentación.

Establece las bases reguladoras y la convocatoria de ayudas para el primer tramo de 2020 destinadas a pescadores cuya actividad se paralizó por el COVID-19 y que tramitaron una suspensión de contrato o reducción de jornada. Las ayudas las gestiona el Instituto Social de la Marina y se pagan a través de la Tesorería General de la Seguridad Social.

Modifica la norma que regula la Junta Nacional de Homologación de Trofeos de Caza para adaptar su composición a la nueva estructura del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación. Fija 24 miembros y actualiza las referencias a órganos que cambiaron de nombre.

Amplía la aplicación de las ayudas del artículo 9 del Real Decreto-ley 11/2019 a situaciones catastróficas ocurridas hasta el 31 de marzo de 2020. Estas ayudas subvencionan hasta el 50 % del coste de proyectos de reparación de infraestructuras y servicios municipales.

Establece las bases para conceder en 2020 subvenciones a productores de flor cortada y planta ornamental que destruyeron su producción entre el 14 de marzo y el 20 de junio de 2020 por la crisis sanitaria del COVID-19. La ayuda se calcula según la superficie de cultivo destruida.

Regula la concesión directa de subvenciones a la Unión de Pequeños Agricultores y Ganaderos (UPA) y a Cooperativas Agroalimentarias de España para poner en marcha un programa de visitas formativas para jóvenes agricultores y ganaderos. El programa incluye visitas a explotaciones modelo para facilitar la formación de los jóvenes.

Regula la concesión directa de varias subvenciones en materia agroalimentaria y pesquera. Fija los beneficiarios, las actuaciones y gastos subvencionables, las cuantías, el pago y la justificación, y las obligaciones de las entidades que reciben el dinero.

Desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio de Hacienda y fija sus órganos superiores y directivos, como la Secretaría de Estado de Hacienda, la Secretaría de Estado de Presupuestos y Gastos, la Subsecretaría y la Intervención General. También modifica otros reales decretos para adaptar sus estructuras.

Establece las bases para dar subvenciones a titulares de explotaciones agrícolas y ganaderas que sufrieron daños en su producción por temporales y otras catástrofes, y convoca estas ayudas para 2020. Se aplica a las zonas declaradas afectadas por emergencia de protección civil.

Establece las bases para dar subvenciones a titulares de explotaciones agrícolas y ganaderas por daños en elementos de la explotación causados por temporales y otras catástrofes, y convoca las ayudas del ejercicio 2020. Regula requisitos, solicitud, cálculo de la ayuda y reintegro.

Establece las bases para subvencionar el coste de los avales de SAECA que necesitan los titulares de explotaciones agrarias afectadas por la sequía y otras situaciones excepcionales para obtener préstamos con los que financiar sus explotaciones. Además, convoca estas subvenciones para el ejercicio 2020.

Establece las bases para conceder subvenciones estatales en 2020 a explotaciones de ovejas y cabras que tuvieron problemas para vender corderos y cabritos en marzo y abril. La causa fue el cierre de la hostelería y restauración por el estado de alarma del COVID-19.

Desarrolla la estructura orgánica del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación hasta el nivel de subdirección general y define las competencias de cada órgano. También cambia el nombre de dos direcciones generales del Real Decreto 139/2020.