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Reorganiza varios organismos públicos de investigación de la Administración General del Estado y los integra en el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). También modifica el Estatuto del CSIC y la estructura orgánica del Ministerio de Ciencia e Innovación.

Crea la Comisión de coordinación en materia de investigación, un órgano colegiado con participación paritaria de los Ministerios de Ciencia e Innovación, Universidades y Sanidad. Su objetivo es acordar medidas para que la Administración funcione de forma cohesionada en investigación.

Crea y regula el Observatorio «Mujeres, Ciencia e Innovación», un órgano colegiado interministerial. Su fin es analizar y medir el impacto sobre las mujeres en investigación, desarrollo e innovación, impulsar políticas de igualdad de género y mejorar su situación en el sistema español de ciencia y tecnología.

Regula la concesión directa de subvenciones al Instituto de España, a las Reales Academias y a otras entidades, sin convocatoria pública. Establece el procedimiento, las entidades beneficiarias, las cuantías, el pago y la justificación del dinero.

Regula la concesión directa de subvenciones a la Real Academia Española y a la Comisión Permanente de la Asociación de Academias de la Lengua Española. Las ayudas financian gastos de funcionamiento de su actividad. Se establecen las entidades beneficiarias, las cuantías, el pago, la justificación y el régimen de incumplimientos.

Establece la organización interna del Ministerio de Sanidad, desde sus órganos superiores hasta las subdirecciones generales, y reparte sus funciones en materia de salud, planificación sanitaria, salud pública, farmacia y ordenación profesional. También modifica la estructura orgánica básica de los departamentos ministeriales.

Desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio de Ciencia e Innovación. Fija sus órganos directivos hasta el nivel de subdirección general y define las competencias de cada uno. También adscribe al ministerio varios órganos colegiados de ciencia e innovación.

Crea doce Subsecretarías en los ministerios de nueva creación y suprime siete Subsecretarías de ministerios anteriores. También fija cómo se mantienen las delegaciones de competencias, el personal y los servicios comunes hasta que se complete la nueva organización.

Reorganiza la Administración General del Estado y fija los 22 ministerios que la componen, con sus competencias y sus órganos superiores, como secretarías de Estado.