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Designa al Organismo Público Puertos del Estado como organismo competente para desarrollar, implantar y aplicar las inspecciones sobre los planes de protección de las instalaciones portuarias y de los puertos de competencia autonómica y de las instalaciones fuera de puerto. Asigna esas funciones inspectoras a personal de Puertos del Estado.

Desarrolla la estructura organizativa del Ministerio de Transportes, Movilidad y Agenda Urbana hasta el nivel de subdirección general. Define los órganos del ministerio y sus competencias en infraestructuras, transportes, vivienda, suelo y agenda urbana.

Establece la estructura orgánica básica de los departamentos ministeriales, fijando sus órganos directivos hasta el nivel de Dirección General. Regula también los gabinetes, la delegación de competencias y medidas de coordinación entre ministerios.