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Establece la estructura orgánica básica de los 22 departamentos ministeriales, fijando los órganos superiores y directivos de cada uno. Desarrolla la reestructuración ministerial previa y regula la subsistencia de órganos, adscripciones y régimen transitorio.

Modifica el Estatuto de la Agencia de Información y Control Alimentarios y el régimen de controles que aplica, para adaptarlos a los cambios de la Ley 12/2013 introducidos por la Ley 16/2021. Actualiza sus fines, funciones, sujetos controlados, competencias de sus órganos de gobierno y régimen económico-financiero.

Regula cómo se organiza y gestiona en España el Plan Estratégico de la Política Agrícola Común 2023-2027 y los fondos europeos agrícolas FEAGA y Feader. Crea y define las autoridades de gestión, los organismos pagadores y de certificación, y los procedimientos de control y coordinación con la Unión Europea.

Crea y regula el Sistema de información de explotaciones agrícolas y ganaderas y de la producción agraria (SIEX), el Registro autonómico de explotaciones agrícolas (REA) y el Cuaderno digital de explotación agrícola (CUE). Reúne en un solo sistema informático datos agrarios que ahora están dispersos y pone a disposición de los productores herramientas digitales gratuitas.

Modifica el reglamento que desarrolla la Ley 9/2003 sobre organismos modificados genéticamente. Actualiza la norma española para adaptarla a los cambios introducidos por el Reglamento (UE) 2019/1381 en materia de transparencia y evaluación de riesgos. También ajusta las referencias a los órganos administrativos competentes.

Crea la Comisión de Coordinación entre los Ministerios de Consumo, Sanidad y Agricultura, Pesca y Alimentación. Este órgano coordina las competencias de los tres ministerios sobre la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición. Regula sus funciones, composición y funcionamiento.

Regula la concesión directa de varias subvenciones en materia agroalimentaria y pesquera. Fija los beneficiarios, las actuaciones y gastos subvencionables, las cuantías, el pago y la justificación, y las obligaciones de las entidades que reciben el dinero.

Desarrolla la estructura orgánica del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación hasta el nivel de subdirección general y define las competencias de cada órgano. También cambia el nombre de dos direcciones generales del Real Decreto 139/2020.

Establece la estructura orgánica básica de los departamentos ministeriales, fijando sus órganos directivos hasta el nivel de Dirección General. Regula también los gabinetes, la delegación de competencias y medidas de coordinación entre ministerios.