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Crea la Mesa del sistema integrado de gestión y control de los pagos de la Política Agrícola Común, adscrita al Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación. Regula sus funciones, su composición y su forma de funcionamiento.

Modifica las bases reguladoras de las subvenciones para ejecutar proyectos de innovación de interés general por grupos operativos de la Asociación Europea para la Innovación en productividad y sostenibilidad agrícolas. Adapta estas ayudas a la prórroga de la programación comunitaria 2021-2022 y a los fondos adicionales recibidos.

Establece las disposiciones específicas para aplicar en 2021 y 2022 los cuatro reales decretos que regulan en España los pagos directos y ayudas de la Política Agrícola Común. Modifica esos reales decretos para adaptarlos a esos dos años.

Modifica las declaraciones obligatorias de primeros compradores y productores de leche y productos lácteos de vaca, oveja y cabra, y de fabricantes de leche líquida envasada. Añade la obligación de comunicar datos de leche cruda ecológica y de producciones de calidad diferenciada, como denominaciones de origen e indicaciones geográficas protegidas.

Crea y regula la Junta de Contratación y la Mesa de Contratación del Fondo Español de Garantía Agraria, un organismo autónomo. Define su composición, funciones y forma de funcionamiento, y sustituye la regulación anterior de 2001.

Modifica varias normas sobre frutas y hortalizas y sobre el sector del vino para adaptarlas a la situación del estado de alarma por la COVID-19. Ajusta controles, plazos y ayudas de acuerdo con reglamentos europeos excepcionales para 2020.

Adapta las condiciones y plazos de las subvenciones a proyectos de innovación agrícola de los grupos operativos de la AEI-Agri, para que los beneficiarios puedan modificar sus actuaciones y cronogramas por el estado de alarma del COVID-19.

Desarrolla la estructura orgánica del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación hasta el nivel de subdirección general y define las competencias de cada órgano. También cambia el nombre de dos direcciones generales del Real Decreto 139/2020.

Modifica el anexo del Real Decreto 930/2017 para adaptar la información que las comunidades autónomas deben comunicar sobre la ejecución del programa apícola. El cambio ajusta los indicadores de rendimiento de las ayudas al Plan Nacional Apícola del trienio 2020-2022 aprobado por la Comisión Europea.

Modifica las bases reguladoras de las ayudas para fomentar la integración de entidades asociativas agroalimentarias de ámbito supraautonómico. Ajusta tres reales decreto de 2015 y 2016 dentro del Programa Nacional de Desarrollo Rural 2014-2020.