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Crea el Registro General de las Mejores Técnicas Disponibles en Explotaciones ganaderas y el sistema informático ECOGAN para calcular, seguir y notificar las emisiones de la ganadería. También fija obligaciones para los titulares de explotaciones y modifica varias normas agrarias.

Establece las normas de sanidad y protección animal durante el transporte de animales vivos. Regula la autorización y registro de transportistas y medios de transporte, los documentos y registros del transporte, los puntos de entrada y salida de la Unión Europea y los controles e inspecciones.

Establece las reglas para aplicar en España el Reglamento europeo sobre fabricación, comercialización y uso de piensos medicamentosos. Fija condiciones de autorización de establecimientos, controles de homogeneidad y límites de contaminación cruzada, y modifica otras normas sobre ganadería.

Aprueba el Reglamento sobre el acceso a los recursos fitogenéticos para la agricultura y la alimentación, y a los cultivados para otros fines. Desarrolla el título IV de la Ley 30/2006 y regula el acceso, las medidas de control, una comisión nacional y el fomento de los derechos de los agricultores.

Establece las normas básicas para ordenar las granjas porcinas intensivas: condiciones de bioseguridad, higiene, bienestar y sanidad animal, ubicación, gestión de estiércoles y reducción de emisiones. También regula la identificación de animales, el registro de explotaciones y los controles y sanciones, y modifica la normativa de las explotaciones de ganado porcino extensivo.