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Modifica el reglamento técnico de control de plantones y material de multiplicación de hortalizas para incluir el azafrán. Regula la producción y comercialización de los cormos de azafrán y los somete a control oficial. También actualiza referencias a proveedores y a otras normas.

Establece la estructura orgánica básica de los 22 departamentos ministeriales, fijando los órganos superiores y directivos de cada uno. Desarrolla la reestructuración ministerial previa y regula la subsistencia de órganos, adscripciones y régimen transitorio.

Establece cómo se aplican en España los controles oficiales de la Unión Europea sobre bienestar animal en animales de granja. Crea un plan de bienestar animal, un Centro Nacional de Referencia y una mesa de coordinación, y modifica varios reales decretos sobre protección de terneros, gallinas, cerdos, pollos y transporte de animales.

Crea el Registro General de las Mejores Técnicas Disponibles en Explotaciones ganaderas y el sistema informático ECOGAN para calcular, seguir y notificar las emisiones de la ganadería. También fija obligaciones para los titulares de explotaciones y modifica varias normas agrarias.

Establece las normas de sanidad y protección animal durante el transporte de animales vivos. Regula la autorización y registro de transportistas y medios de transporte, los documentos y registros del transporte, los puntos de entrada y salida de la Unión Europea y los controles e inspecciones.

Aprueba el Reglamento sobre el acceso a los recursos fitogenéticos para la agricultura y la alimentación, y a los cultivados para otros fines. Desarrolla el título IV de la Ley 30/2006 y regula el acceso, las medidas de control, una comisión nacional y el fomento de los derechos de los agricultores.

Establece las normas básicas para ordenar las granjas porcinas intensivas: condiciones de bioseguridad, higiene, bienestar y sanidad animal, ubicación, gestión de estiércoles y reducción de emisiones. También regula la identificación de animales, el registro de explotaciones y los controles y sanciones, y modifica la normativa de las explotaciones de ganado porcino extensivo.

Establece la estructura orgánica básica de los departamentos ministeriales, fijando sus órganos directivos hasta el nivel de Dirección General. Regula también los gabinetes, la delegación de competencias y medidas de coordinación entre ministerios.